歴史情報学は、計画班7班及び総括班による構成となっています。総括班は、各計画班の代表および若手研究者により構成され、研究全体のマネジメントを担います。計画班のメンバーは以下のとおりです。（分担者は名字の五十音順）
総括班
（各計画班の代表・分担を兼ねる）
- 代表（領域代表） 後藤真（人間文化研究機構 国立歴史民俗博物館） 専門：歴史情報学
- 分担 奥村 弘 （神戸大学） 専門：日本近代史 地域歴史資料学
- 分担 川邊咲子（人間文化研究機構 国立歴史民俗博物館） 専門：文化人類学 歴史文化資料学
- 分担 小風尚樹 （千葉大学） 専門：イギリス近代史 歴史情報学
- 分担 関野 樹（人間文化研究機構 国際日本文化研究センター） 専門：情報学
- 分担 原正一郎（京都大学） 専門：人文情報学
- 分担 山田太造（東京大学 史料編纂所） 専門：情報学
A1班 基盤目録構築班
- 代表 山田太造（東京大学 史料編纂所） 専門：情報学
- 分担 小野塚航一（人間文化研究機構 国立歴史民俗博物館） 専門：日本中世史
- 分担 高田良宏（金沢大学 学術メディア創成センター）専門：情報学
A2班 歴史資料情報高度化班
- 代表 川邊咲子（人間文化研究機構 国立歴史民俗博物館） 専門：文化人類学 歴史文化資料学
- 分担 加藤 諭 （東北大学 史料館） 専門：日本近代史 アーカイブズ学
- 分担 北岡タマ子（人間文化研究機構 本部） 専門：博物館学
- 分担 工藤航平（人間文化研究機構 国立歴史民俗博物館） 専門：日本近世史 アーカイブズ学
A3班 地域歴史共有班
- 代表 天野真志（人間文化研究機構 国立歴史民俗博物館） 専門：日本近世・近代史、資料保存
- 分担 川内淳史（東北大学 災害科学国際研究所） 専門：日本近現代史
- 分担 三村昌司（早稲田大学 教育・総合科学学術院） 専門：日本近代史
- 分担 山内利秋（九州医療科学大学 薬学部） 専門：博物館学
B1班 歴史情報学解析班
- 代表 森 信介（京都大学 学術情報メディアセンター） 専門：自然言語処理・計算言語学
- 分担 吉賀夏子（大阪大学大学院 人文学研究科人文学林） 専門：人文情報学
- 分担 耒代誠仁（桜美林大学 リベラルアーツ学群）専門：情報学
- 分担 堤智昭（筑波大学 人文社会系）専門：情報学
- 分担 高田智和（人間文化研究機構 国立国語研究所）専門：言語学
B2班 歴史知識情報構築班
- 代表 関野 樹（人間文化研究機構 国際日本文化研究センター） 専門：情報学
- 分担 橋本雄太 （人間文化研究機構 国立歴史民俗博物館）専門：情報学
- 分担 亀田尭宙 （人間文化研究機構 本部） 専門：情報学
- 分担 小木曽智信 （人間文化研究機構 国立国語研究所）専門：日本語学・自然言語処理
B3班 高度テキスト構築班
- 代表 小風尚樹 （千葉大学 人文科学研究院） 専門：イギリス近代史 歴史情報学
- 分担 中村 覚 （東京大学 史料編纂所） 専門：情報学
- 分担 ＷＡＮＧ ＷＥＮＬＵ （早稲田大学 理工学術院）専門：東西交渉史 キリスト教史
C 班 理論班
- 代表 後藤 真（人間文化研究機構 国立歴史民俗博物館） 専門：歴史情報学
- 分担 小川 潤（東京大学 次世代人文学開発センター）専門：西洋古代史 歴史情報学
- 分担 奥村 弘 （神戸大学） 専門：日本近代史 地域歴史資料学
- 分担 高橋そよ （琉球大学 人文社会学部） 専門：民俗学 文化人類学
- 分担 原正一郎（京都大学） 専門：人文情報学